2002年5月25日中華航空CI611班機失事於澎湖海域，華航空難是國內第一次海上大型空難，罹難人數達225人。本工作小組於本次作業首先以側掃聲納先進行大範圍之飛機殘駭掃瞄及由海研一、二號及海軍提供約略殘駭碎片位置。再利用多音束測深系統仔細掃描並仔細定位，其定位約可準確至3-10公尺。再由海研三號依海流流向及風向下錨（雙錨）在殘駭精確位置上，然後放下水下無人遙控潛具在海床上搜尋飛機殘駭，而水下無人遙控潛具之活動範圍通常控制在10-20公尺內。 

        本次所支援之多音束測深系統，共仔細掃測數百公里，並發現4處大型飛機殘駭(1. 高約2-3公尺狹長型， 2. 突起高約10公尺、寬約10公尺之T型目標物， 3. 長約40公尺、寬約20公尺、高約4-5公尺之大型目標物， 4. 長約8公尺、高約4-6公尺之目標物，周圍並有零散碎片)且仔細定位後，同時亦將精確位置已給交通部、飛安委員會及亞太公司，以利隨後之打撈工作之進行，其成果如附圖所示。

        同時亦利用水下無人遙控潛具（ROV），在第一航次（91/5/31~91/6/4）發現油氣現象之現場附近，發現飛機殘駭碎片，並夾起1片殘駭。該片飛機殘駭約10cm x 10cm 並有油管扣環，並迅速交給飛安委員會鑑定。並於第二航次（91/6/8~91/6/14）經由多音束測深系統之成果與準確之定位，並利用海研三號以雙錨鎖定目標物位置，成功拍攝尾翼之影像，亦將所拍攝影片轉成數位光碟片。此次亦同樣證實多音束測深系統於水下搜尋之實用與重要性。

以多音束測深系統實測澎湖海域華航CI611班機機翼立體圖（左上）影像圖（右上）40米座艙影像圖（左下）尾翼影像圖（右下）